Sisältö
- TL; DR (liian pitkä; ei lukenut)
- Puskuri ja suola
- Liukenevat pesuaineet
- Kelatoivia aineita ja estäjiä
- Alkalinen hajoaminen
Lyse on sana, joka tulee kreikasta ja tarkoittaa vain "halkaista" tai "purskeaa." Termit tarkoittavat aivan oikein sitä, mitä soluille tapahtuu hajotuspuskurissa, ratkaisussa, joka hajottaa ne auki niiden sisällön purkamiseksi. Tutkijat käyttävät hajotuspuskureita uuttaessaan DNA: ta tai proteiineja soluista analysointiin, etenkin bakteereissa. Soluhajotuspuskurin tyyppi vaihtelee kokeen tyypistä riippuen, vaikka seuraavat ovat joitain yleisiä valintoja.
TL; DR (liian pitkä; ei lukenut)
Lyysipuskurit auttavat hajottamaan avoimet solut, joten niiden sisältöön pääsee käsiksi tai poistamaan. Joitakin esimerkkejä ovat suolat, pesuaineet, kelatoivat aineet ja estäjät ja jotkut alkaliset kemikaalit.
Puskuri ja suola
Puskurit stabiloivat pH: n solujen jakautuessa. Tris-HCL on yksi yleisimmistä puskurointikemikaaleista pH: ssa 8. HEPES on toinen yleinen puskurikemikaali näissä kokeissa. Natriumkloridisuola voi myös nostaa ionivahvuutta, solujen ulkopuolella olevan liuenneen aineen kokonaispitoisuutta. Tällä viimeisellä kohdalla on jonkin verran merkitystä, koska vesi voi diffundoitua solukalvojen läpi alueilta, joilla on alhainen liuenneen pitoisuus alueisiin, joilla on suuri liuenneen pitoisuuden alueet.
Liukenevat pesuaineet
Puhdistusaineet liukenevat solukalvoja, jotta solujen sisältö pääsee poistumaan. Niillä on ja amfipaattiset molekyylirakenteet (ts. Molekyylit, joiden toinen pää on vuorovaikutuksessa helposti vesimolekyylien kanssa, kun taas toinen hydrofobinen tai "vettä pelkäävä" pää ei ole). Ne voivat liuottaa rasvat muodostamalla misellejä, pieniä klustereita, joissa pesuainemolekyylien hydrofobiset hännät osoittavat sisäänpäin kohti rasvamolekyylejä. Tavallisia pesuaineita ovat natriumdodekyylisulfaatti tai SDS, NP-40 ja tritonX.
Kelatoivia aineita ja estäjiä
Lyysipuskurit sisältävät tyypillisesti myös kelatoivia aineita, kuten etyleenidiamiinitetraetikkahappoa (EDTA) tai etyleeniglykolitetraetikkahappoa (EGTA). Nämä kemikaalit sitoutuvat metalli-ioneihin kahdella positiivisella varauksella (esim. Magnesium ja kalsium), jolloin ne eivät ole käytettävissä muihin reaktioihin. Monet DNA: t (proteiinit, jotka pureskelevat DNA: ta) ja proteaasit (proteiinit, jotka viipaloivat muita proteiineja) tarvitsevat magnesiumioneja toimiakseen, joten EDTA ja EGTA auttavat vähentämään proteaasi- tai DNA-aktiivisuuden tasoa jättämällä heille tämä tärkeä aineosa. Ne eivät kuitenkaan sulje sitä pois kokonaan, ja jotkut proteaasit eivät ole riippuvaisia magnesiumkofaktoreista, joten hajotuspuskurit sisältävät joskus myös proteaasi-inhibiittoreiksi kutsuttuja kemikaaleja, jotka sitoutuvat proteaaseihin ja estävät niitä toimimasta oikein.
Alkalinen hajoaminen
Alkalinen hajotus, erittäin yleinen tekniikka plasmidien puhdistamiseksi bakteereista, sisältää kolme liuosta. Ensimmäinen sisältää glukoosia, tris-HCL-puskuria, EDTA: ta ja RNAsseja. Glukoosi luo korkean liuenneen pitoisuuden bakteerien ulkopuolella, joten niistä tulee hiutaleita, mikä helpottaa niiden hajottamista. EDTA ja tris-HCL toimivat kuten on jo kuvattu, kun taas RNAasi pureskelee mitä tahansa solun sisällä olevaa RNA: ta saadakseen sen pois tieltä. Toinen ratkaisu itse lysoi solut. Tämä sisältää SDS-pesuainetta ja NaOH: ta, joka nostaa pH: n arvoon 12 tai yli, denaturoi proteiineja solun sisällä ja saa DNA: n jakautumaan yksittäisiksi juosteiksi. Kolmas liuos sisältää kaliumasetaattia pH: n palauttamiseksi neutraalimmalle tasolle, jotta plasmidi-DNA-juosteet voivat palata takaisin toisiinsa. Sillä välin denaturoidut proteiinit kasaantuvat ja saostuvat, kun taas dodekyylisulfaatti-ionit tulevat yhdessä kaliumionien kanssa muodostamaan liukenemattoman yhdisteen, joka myös saostuu liuoksesta.