Sisältö
Suurimmat bakteerityypit luokiteltiin perinteisesti fysikaalisten ominaisuuksien tai erityyppisten värjäysreaktioiden perusteella. Molekyyligenetiikan tulo on mahdollistanut huolellisemman jaon bakteeriryhmien välillä. Monet tutkijat uskovat, että vanha bakteeriluokittelu tulisi jakaa kahteen tai useampaan valtakuntaan.
Kingdoms
Korkein elävien olentojen luokitus on valtakunnat. Bakteerit luokiteltiin kerran yhteen valtakuntaan, joka tunnetaan nimellä Protista, mutta monet tutkijat väittävät, että vanha valtakunta tulisi jakaa kahteen valtakuntaan molekyyligeneettisten todisteiden perusteella. Uudet valtakunnat olisivat tosi bakteereita, eubakteerit ja muinaiset bakteerit, arkebakteerit, jotka nykyään selviävät äärimmäisissä ympäristöissä. Jotkut ehdottavat uutta fylogeneettistä jakoa, joka tunnetaan nimellä domeene tai superkingdoms, koska arkebakteerit ovat niin selkeitä, ne voitaisiin jakaa kolmeen omaan valtakuntaansa: Crenarchaeota, termofiiliset bakteerit; Euryarchaeota, halogeeniset ja metanogeeniset bakteerit; ja Korarchaeota, löydetty kuumista lähteistä.
Phylums
Muiden bakteerien kuin arkebakteerien kohdalla on viisi erillistä fyliaa, seuraava haara fylogeneettisen puun yläpuolelle. Proteobakteerit ovat symbioottisia kasvien kanssa ja auttavat niitä kiinnittämään typpeä ilmakehästä. Sinileviä tunnetaan sinivihreinä bakteereina. Eubakteerit ovat perinteisesti luokiteltuja grampositiivisia bakteereja, ja niiden soluseinillä on erilaiset kerrokset kuin muilla bakteereilla. Spirochetes kasvaa spiraalikokoisissa pesäkkeissä. Chlamydiat ovat solunsisäisiä loisia.
Perinteinen luokittelu
Bakteerit voidaan kuvata patogeenisiksi (sairauksia aiheuttaviksi) tai ei-patogeenisiksi. Niitä voidaan myös kuvata gram-positiivisiksi tai gram-negatiivisiksi. Tämä viittaa siihen, absorboivatko ne väriaineen gram-värjäyksellä. Grampositiivisista bakteereista puuttuu ulkoinen solukalvo, ja peptidoglykaanien ansiosta ne voidaan värjätä kristallivioletilla. Gramnegatiivisilla bakteereilla on ulkoinen solukalvo, mutta niistä puuttuvat peptidoglykaanit, mikä estää niitä värjäämästä.