Sisältö
- Etyleenidiamiinitetraasetaatti DNA: n puhdistamiseen
- Magneisumkloridi DNA: n monistamiseen
- Etidiumbromidi DNA-värjäykseen
DNA: n analyysiin sisältyy erityyppisiä molekyylikokeita ja biologisia menetelmiä. DNA on herkkä ja monimutkainen raaka-aine, joten sen käsitteleminen ja analysointi vaatii parasta laatua ja puhtainta kemikaalien valmistelua. Analyysistä riippuen, DNA: n tutkimukseen osallistuu satoja kemikaaleja happamista ja emäksisistä liuoksista puskureihin ja väriaineisiin. Ymmärrys, miksi joitain kemikaaleja käytetään, on avain onnistuneiden kokeiden suorittamiseen ja tarkkojen, luotettavien ja toistettavien tulosten saamiseen.
Etyleenidiamiinitetraasetaatti DNA: n puhdistamiseen
Kolme tyyppiä DNA: ta puhdistetaan tieteellistä työtä varten: DNA genomista (genominen DNA), koko DNA solusta (kokonais-DNA) tai plasmideista, jotka voivat itse moninkertaistua. Solu-DNA: n kokonaispuhdistuksessa käytetään kemikaaleja, jotka sallivat monien solujen tuhoamisen solujen hajotuksen aikana. Kemiallista etyleenidiamiinitetraasetaattia (EDTA) käytetään usein poistamaan magnesiumioneja, joita tarvitaan soluseinien jäykkyyden ylläpitämiseen, aiheuttaen niiden heikkenemisen siihen pisteeseen, että ne romahtavat tai repeytyvät, vapauttaen solujen sisällön ja DNA: ta analysoitavaksi. Lisäksi EDTA suojaa ja säilyttää DNA: n eheyden estämällä solussa normaalisti läsnä olevia entsyymejä, jotka voivat fragmentoida DNA: ta ja tehdä siitä käyttökelvottoman.
Magneisumkloridi DNA: n monistamiseen
Polymeraasiketjureaktio (PCR) on hienostunut analyysimenetelmä, jota käytetään monista tuhansista DNA-molekyylikopioiden monistamiseen, mutta se on täynnä teknisiä ongelmia ja epätarkkuuksia. Siksi monet tutkijat suorittavat rutiininomaisesti useita erilaisia PCR-sarjoja löytääkseen parhaan mahdollisen tilan ja parametrit tietylle mielenkiinnon kohteena olevalle geenille. Yksi kemikaali, jota käytetään tällaisen optimoinnin suorittamiseen, on magnesium, joka stabiloi PCR: ssä käytetyn DNA-polymeraasientsyymin ja toimii olennaisena tekijänä entsyymin aktiivisuudelle. PCR-reaktioissa magnesiumia käytetään magnesiumkloridipuskurin muodossa.
Etidiumbromidi DNA-värjäykseen
Etidiumbromidi on väriaine, joka sitoutuu DNA: han liu'uttamalla niiden DNA-kaksoisheeliksin muodostavien nukleotidien väliin prosessissa, jota kutsutaan interkalaatioksi. Tämä väriaine voidaan sitten valaista ultraviolettivalaisimella, jotta DNA, johon etidiumbromidi on sitoutunut, voidaan visualisoida. Etidiumbromidin näyttämiseksi kunnolla tarvitaan kuitenkin vähintään 1 nanogramma DNA: ta, joten se on yksi tapa havaita PCR: llä monistettu DNA. Vaikka se on halpaa ja laajalti käytetty, se on myös mutageeninen kemikaali, jonka tiedetään aiheuttavan syöpää, joten sen käyttö laboratorioissa on erittäin säännelty ja monet tutkijat ovat siirtymässä käyttämään vähemmän myrkyllisiä vaihtoehtoja.