Molekyylien rakenne on erittäin tärkeä, koska tämä antaa tietoa siitä, kuinka molekyyli on vuorovaikutuksessa muiden yhdisteiden kanssa. Muoto sanelee yhdisteiden jäätymispisteen, kiehumispisteen, haihtuvuuden, aineen tilan, pintajännityksen, viskositeetin ja muut. Yhdisteiden rakenteen ymmärtäminen on paljon helpompaa näkemällä se 3D-mallissa. Eri sidoksilla on erilaiset kulmat ja yhdisteen erilaisia elementtejä edustavat eri värit. Mitä enemmän elementtejä ja sidoksia on yhdisteessä, sitä edistyneempi ja monimutkaisempi on yhdisteen rakenteen geometria.
Piirrä valitun molekyylin rakenne käyttämällä Lewisin pisterakennetta. Lewisin pisterakenne näyttää pääelementit, valenssielektronien lukumäärän ja mitkä yhdisteet ovat sitoutuneet keskusyhdisteeseen.
Määritä kulmat, joita tarvitaan kunkin pääyhdisteen ympärille. Yhdisteellä, jolla on neljä sidosta, ovat sidokset 109,5 asteen päässä toisistaan tetraedrisessa järjestelyssä. Kolme sidosta trigonaalisessa tasomaisessa järjestelyssä erotetaan 120 asteella. Kaksi sidosta pääyhdisteestä ovat lineaarisessa järjestelyssä ja erotetaan 180 asteella.
Maalaa styroksi-pallot sopivilla väreillä. Hiilen styroksi vaaleat pallot ovat samanvärisiä, happea styroksi vaaleat pallot ovat toisen värin ja vetypallot lisävärit. Mitä enemmän erilaisia elementtejä yhdistelmässä, sitä enemmän värejä tarvitaan.
Yhdistä pallot Popsicle-tikkuilla tai putkenpuhdistimilla. Käytä yhdisteen sidoskulmia saadaksesi rakenne oikein. Yksittäiset sidokset vaativat yhden putkenpuhdistimen, kaksoissidokset kaksi putkenpuhdistinta ja kolmoissidokset kolme putken puhdistusainetta. Vahvat liitokset asetetaan liimaa putkienpuhdistimen päihin ennen niiden asettamista styroksi-palloihin.