Sisältö
- TL; DR (liian pitkä; ei lukenut)
- Mikä on elektroforeesi?
- Epätyydyttävä geelin valmistelu
- Liian paljon näytettä
- Heikkolaatuinen näyte
Oletko koskaan miettinyt, kuinka tutkijat tutkivat pieniä fragmentteja, kuten DNA: ta? Yksi menetelmä on geelielektroforeesi. Vaikka elektroforeesi tuottaa yleensä selkeät, helposti luettavat kaistat, jotka sopivat täydellisesti tieteelliseen tulkintaan, hajotetut tulokset peittävät joskus tiedot.
TL; DR (liian pitkä; ei lukenut)
Geelielektroforeesi antaa tutkijoille mahdollisuuden hajottaa näytteet ja mitata fragmenttien koko. Hieronta johtuu väärin valmistetuista agaroosigeeleistä, laimentamatta jääneen näytteen lataamisesta kuoppiin tai huonolaatuisten näytteiden käytöstä.
Mikä on elektroforeesi?
Geelielektroforeesi on tutkijoiden tapa visualisoida pienten molekyylien, kuten DNA: n, hajotetut näytteet, ja arvioida näiden fragmenttien koko. Elektroforeesin suorittamiseksi tutkijat valmistavat geelin suspendoimalla agaroosia kiehuvaan veteen. Tuloksena oleva polymerointi tuottaa ristikkäisiä sokeripolymeerejä siten, että geeli näyttää hiukan hämähäkkiverkolta kemiallisella tasolla.
Tutkijat käyttävät leikkausinstrumenttia muodostamaan kaivoja geeliin, jotta he voivat ladata hyvin pieniä määriä sulatettuja näytteitä kaivoihin. Koneen käynnistäminen aiheuttaa sähkön kulkemisen geelin läpi, ja näytteissä olevat fragmentit alkavat kulkea kaivoista geelin toiselle puolelle. Koska geeli on verkkomaista, pienemmät fragmentit kulkevat matriisin läpi nopeasti, kun taas suurempien fragmenttien kuluminen kestää kauemmin matriisin läpi. Valmistuttuaan geeli sisältää tummia nauhoja, jotka kuvaavat kuinka paljon eri fragmentit kulkivat. Tutkijat mittaavat nämä kaistat ja käyttävät logaritmista laskelmaa kunkin fragmentin koon määrittämiseksi sen perusteella, kuinka pitkälle se on siirtynyt.
Tutkijat toivovat selkeitä bändejä, mutta toisinaan bändit rasvaavat. Tämä voitelu johtuu yleensä huonosti valmistetuista geeleistä, lataamattomien näytteiden lataamisesta kaivoihin tai heikkolaatuisista näytteistä.
Epätyydyttävä geelin valmistelu
Kun kyseessä on rasvatut tulokset, yksi todennäköinen syyllinen on huonosti valmistettu geeli. Tyydyttävä geeli polymeroituu tasaisesti tuottaen tasaisen matriisin koko geelissä valualustalla. Jos osa geelistä - yleensä alempi puoli - kovettuu ennen kuin tiedemies lopettaa koko alustan kaatamisen, tuloksena oleva geeli on epätasainen ja tuottaa rasvattuja tuloksia.
Liian paljon näytettä
Ennen näytteiden lataamista kuoppiin, nämä näytteet on laimennettava niin paljon, että ne kulkevat geelin läpi ilman että kuopat täyttyvät. Jos ladattu näyte on liian väkevöity, koska tutkija unohti laimentaa sen tai käytti virheellistä laimennuskerrointa, fragmentit ovat liian suuria kuoppia varten ja tuottavat tahroja.
Heikkolaatuinen näyte
Hieronta johtuu myös heikosta näytteen laadusta. Esimerkiksi DNA-näyte, joka on saastunut proteiinilla tai sisältää liian paljon suolaa, voi saada aikaan tahroutumisen. Hajonneet tai denaturoidut näytteet antavat myös heikkoja tuloksia, mukaan lukien rasvatut nauhat.
Geelielektroforeesi on uskomaton tapa tutkijoille visualisoida hajotetut näytteet ja määrittää fragmentin koko. Sekä geelin että näytteen huolellinen valmistelu minimoi mahdollisuuden leviämiseen ja tuottaa kirkkaat kaistaleet, jotka ovat ihanteellisia tieteelliseen tulkintaan.